結論からいくと、『SET SQL_SAFE_UPDATES=0』なんだけどね。
mysql Workbench でdelete文やupdate文など、indexの更新が発生しそうな場合、重いクエリになる可能性があるためか、実行するとworkbench 側で止められてしまいます。
直接mysqlへアクセスすれば実行はできますが、何かあった時のためとして、mysql workbench?側の機能として、止まるようです。
解除する方法を見つけたのでメモがてら記録しておきます。
『SET SQL_SAFE_UPDATES=0;』を実行して、SAFE_UPDATESを解除する
以下を実行すると、今後updateだろうがdeleteだろうが、止められずに実行が可能になる
SET SQL_SAFE_UPDATES=0;
//updateやupdateで実行を止められる機能を解除できる
ただし、これを解除するとどんな危険なクエリでも実行できてしまうので、何かあった時に大きなトラブルになる可能性があるので、できれば解除しなくていい状態でのクエリのみ実行する方がよいかもしれない。